在菏泽进行公司注册有自行注册和找代理两种方式，各有其优缺点。下面我们对这两种方式进行简单的分析。

自行注册的优点：

1.节约成本：自行注册可以省去代理服务费用，节省公司成本。

2.熟悉流程：自行注册可以让公司的负责人或员工熟悉注册流程，了解注册所需材料和程序，有助于日后公司运营中遇到相关问题的处理。

3.自主掌握注册信息：自行注册可以使公司掌握自己的注册信息，包括股权结构、法定代表人等信息，有利于公司管理。

自行注册的缺点：

1.流程繁琐：自行注册需要处理的事项较多，包括材料准备、流程审批等，会耗费较多的时间和精力。

2.容易出错：自行注册需要熟悉相关法律和条例，如果操作不当可能会出现错误，需要花费额外的时间和精力进行处理。

3.缺乏专业知识：自行注册的负责人或员工可能缺乏相关专业知识，导致注册过程中出现问题，影响公司正常运营。

找代理注册的优点：

1.时间成本低：找代理可以节省大量时间和精力，由专业人员负责处理注册事项，让公司的负责人或员工可以将精力放在公司日常运营上。

2.专业服务：找代理可以得到专业的注册服务，避免了因个人经验不足导致的疏漏，保障了注册的质量。

3.避免风险：找代理可以避免因不了解相关法规而导致的违规风险，保障公司的合法性和稳定性。

找代理注册的缺点：

1.费用较高：相对于自行注册，找代理的费用较高，需要公司支付相应的服务费用。

2.可能存在信任问题：找代理需要选择可信赖的机构，避免遇到不良代理公司。

总的来说，自行注册和找代理都有各自的优缺点，企业可以根据实际情况选择合适的方式进行注册。如果公司内部人员具有丰富的注册经验和专业知识，可以考虑自行注册；如果公司对注册流程不熟悉或者需要保证注册质量，可以选择找代理注册。无论选择哪种方式，都应该注意选取正规、有资质的代理公司或者咨询专业人士。